La historio de MRI komenciĝas en 1946 kun la eltrovo de la fenomeno de magneta resonanco. Tion faris la sciencistoj Felix Bloch kaj Edward Purcell. Ambaŭ sciencistoj ricevus nobelpremion pro siaj eltrovaĵoj en 1952. De 1954 ĝis la fruaj 1970-aj jaroj, MR estis evoluigita kaj uzita por kemia kaj fizika enketo de molekulaj strukturoj. En 1971, Raymond Damadian montris ke la resonanco de tumora histo estis diferenca de tiu de sana histo, kiu iĝis la instigo uzi tiun esplormetodon por detekti malsanojn. En 1973, CT estis lanĉita fare de Houndsfield, tio estas grava por MRI ĉar tiu evoluo montris ke hospitaloj estis pretaj elspezi grandajn monsumojn por akiri solidan esplormetodon. Tiun saman jaron, magnetresonanca bildigo estis montrita sur malgrandaj provtuboj fare de Paul Lauterbur. Li uzis la saman kalkulteknikon kiel tiu uzita en la CT-skanado. En 1975, Richard Ernst lanĉis la ideon uzi fazajn kaj frekvencajn diferencojn, kaj la uzon de la transformo de Fourier, tekniko, kiun nuna MRI ankoraŭ uzas. Kelkajn jarojn poste en 1977, la unua skanado de korpo estis farita, fare de Raymond Damadian. Tiun saman jaron, eĥ-ebena bildigo estis proponita fare de Peter Mansfield.
La teamo de Edelstein montris korpskanadon kiu daŭris kvin minutojn por krei bildon uzante la klasikan metodon. Kun la eĥ-ebena bildigo tio okazis en 5 sekundoj sen grava perdo de kvalito. Krome, laboro ankaŭ estis farita pri magneta resonanco en aliaj lokoj, tiel ke en 1986 mikroskopo estis evoluigita kun rezolucio de proksimume 10 µm.
En 1987, la eĥ-ebena metodo estis uzita por fari la unuan aplikon de kardio-MR, kaj MR-Angio plue rafinita tiel ke eblis akiri bildojn de la sangofluoj sen uzi kontrastilojn.
Novaj teknikoj kaj aplikoj por MRI daŭre estas evoluigitaj. Ĝi estas ankoraŭ juna teknologio, kies aplikoj ankoraŭ ne estas plene konataj
